保证环境监测系统的正常运行，不仅要进行预防性的防护，定期做巡检排查也是很重要的措施。按照相关的技术方法与步骤，定时对系统进行认真详细维护与检测有利于环境监测系统的长期稳定。对环境监测系统的巡检维护分为子站巡检、光路巡检、仪器设备巡检。

子站的巡检维护方面，主要是对温室、空调等进行巡检，确保整个子站运行的周围环境的干净、整洁，减少对环境数据采集的影响，保证整个子站监测系统的安全与准确性。对光路的巡查是指定期对内外、光路的检查，发现是否有对光路阻碍、遮挡的物品，及时进行排查，维持光路的完整性，防止对空气环境取样与分析产生误差。在仪器、设备的维护方面，主要是检查各环境监测仪器的自身参数与相关检测性能，保证电源线、气路等正常的运行。