环境监测系统不仅包括相应的探头采样系统、预处理系统和气体分析系统，也包含了控制、校对以及DAS和远程通信系统等。在环境监测系统的实际运营及管理方面，常采用第三方托管的方式来实施系统管理工作。通常，在环境监测系统相关设施安装、验收合格后，便可经由当地环保部门的监督与指导，利用公开招投标的方式来进行第三方运营管理机构的征集与选取，并于之后同中标方进行代理运营管理合同的签订。

在环境监测系统运营管理的过程之中，运管机构与监管部门所对应的管理职责各不相同。例如：环保部门负责定期监督、检查、考核，并对违法现象实施依法的查处；运营机构负责对环境监测系统的应用技术进行运营及维护，检修相关环境监测仪器设备，并对相关环境监测数据进行处理与报送等。