现阶段，环境监测系统的监督与检查工作一般是由各地区环保主管部门或受其委托的相关机构予以实施。而受到环保管理要求标准逐年提升的影响，使得对于环境监测与考核工作也更为严格，由此也导致管理部门中诸多问题的频频生成。例如：一些环保主管部门的监管与执法人员数量偏少，无法依照环境监测管理办法来进行定期的监测与检查，致使排污企业的环境监测系统在出现故障或监测不稳定时，难以及时开展实地调查，无法及时责令其予以相应整改。同时，由于受到投入成本因素、运营管理因素以及制度体系因素等方面的影响，致使环境监测设备在安装型号与设备质量上存在明显的差异，直接对环境监测数据的精确性带来极大的影响，进而影响到环境监测系统后续监测功能的实现。