环境监测系统的管理工作程序较为复杂，需要处理的监测数据也比较多，虽然大多数基础数据都可以依靠于网络技术自动化、智能化的完成，但是仍然有许多环节需要监测人员手动处理。这里还包括对环境污染进行监测时，相应环境监测设备的操作能力问题。这些问题都是影响环境监测数据准确性的关键因素，但是，现阶段许多环境监测人员并不具备这方面的能力，这也与相关管理部门对人员的管理工作没有落实到位有一定的关系。为了解决这方面的问题，管理部门必须要定期结合新兴环境监测技术发展情况对监测人员进行知识技能及个人素质的培训教育工作。并应当注重于提升员工的创新意识及能力，以此来促进环境监测系统的顺利应用。