环境监测系统的开发工作还包括对软件管理问题，在这个问题上，首先，相关操作人员需要了解各个软件的使用功能及操作方法，然后结合环境监测工作的需要选择合适的软件。同时，信息技术的不断发展进步使得相应的系统及软件更新换代的速度都比较快，要想真正应用环境监测系统来实现环境监测管理，就必须要及时对软件进行更新。在这个环节需要重视起软件的安全运行问题，更新是为了修补软件漏洞，防止环境监测数据的丢失或被篡改。在现阶段的信息环境下，许多环境监测系统软件都可以实现自动更新，给监管工作提供了极大的便利。但是，相关管理人员还是应当定期对环境监测系统软件运行状态进行全面的检查，给软件运行提供基本的安全保障。