经过半个世纪的发展，我国的环境在线监测技术虽然已经相当成熟了，但依然存在一些问题，例如：

1.应急方面的监测技术先进性不够

目前我国在环境在线监测上并没有一套完整的应急技术系统，但很多指标都需要对现场进行快速、动态性的监测，出现了较为严重的污染事件时现有的技术是无法满足应急的需要。而且应急分析的成本较高，与发达国家相比，在设备的配置与系统建设上还存在着一定的差距。此外，目前所应用的应急仪器方法都不标准，而且大部分的监测数据都是无法定量使用的。

2.监测手段更新速度慢，现有的监测方法不成体系

目前我国在空气污染物的采样及分析上并没有形成系统的体系，而不同的污染物在监测上所采用的分析方法也都是不同的。在具体的环境质量监测当中，在对每一个检测项目进行监测时，都要采取单独对样品采集、保存、处理与分析的方式，这样就会导致现场样品采集分析的难度加大，进而不利于监测项目工作的开展。

3.监测结果缺乏全面性

环境在线监测技术是一种自动性的监测技术，主要是通过多种监测设备对污染的情况进行监测与分析，然后将信息录入到电子系统当中，其中监测结果的不全面性就是一个比较明显的表现，主要体现在每一个检测点上监测指标的制定较为单一。

4.管理制度尚不全面

环境在线监测技术的顺利实施必须要有完善的管理制度提供保证，保障在监测过程中设备的高效、稳定与安全进行。但是我国目前还没有指定较为完善的管理制度，对于环境在线监测技术的约束和管理力度也不强，尤其是在设备的维修与养护方面更是缺乏相应的管理制度，导致很多监测设备处于闲置的状态，造成了大量的资源浪费。