我国生态环境监测40多年的发展历史大体可总结为记录环境历史、支撑考核排名、智慧监测等三个阶段。目前生态环境监测正处于由第二阶段向第三阶段迈进的关键期和转型期。达到智慧监测的标志即是实现感知高效化、数据集成化、分析关联化、测管一体化，应用智能化、服务社会化。

第一阶段是记录环境历史的阶段。这一阶段主要是向西方学习阶段，完整引进了发达国家环境监测技术体系，监测目的是客观评价环境质量。

第二阶段是以支撑考核排名为业务重心的阶段。这一时期，环境监测受重视程度达到空前水平。生态环境监测对生态环境管理的支撑作用日趋凸显，监测队伍被称为铁军先锋队。但是在这一时期，由于监测系统人员队伍与工作任务没有同步增长，长期超负荷应付各项事务性工作，监测技术研究特别是理论研究出现了滞后。

第三阶段是智慧监测的阶段。目前生态环境监测工作正处于由第二阶段向第三阶段迈进的转型期，不仅要“说清楚环境质量好不好”“哪个地方干得好”，而且还要“说清楚生态环境怎样才能变好”。因为当前污染防治攻坚战已经全面升级，中央提出了“科学治污、精准治污、依法治污”的要求，污染防治要做到时间、对象、区位、问题、措施精准，就必须先做到“监测先行、监测准确、监测灵敏”。当前，生态环境监测工作要从简单出具数据向提出切实管用的综合管理决策建设转变。