虽然环境监测系统的出现，大大改善了目前我国治理环境污染问题的现状，并且减少了很多方面的开支，但是该系统本身和环境监测部门的治理制度方面都存在一些问题，影响着环境监测和质量控制的工作开展。下面主要从这两方面展开详细论述。

1.系统自身存在的问题

由于我国引进环境监测系统的时间相对较晚，并且在环境空气治理方面投入的资金较少，所以环境监测系统的功能尚不完善，子站具备的功能太少，这大大加大了总站的工作量。例如，当各子站采集污染物样品数据之后，不能够自行简单处理之后再上传总站，而且当出现空气重度污染时并不能及时地发出报警信号。

2.环保部门运行管理方面存在的制度问题

首先，环保部门不具有行政权力，当环境监测系统处理数据得出结果以后，必须将数据结果上报给上级，这样层层上传，根本不能及时解决环境污染的实际问题，这样就让得之不易的环境监测数据失去了真正的作用，变成了一堆没有任何用处的数字。

总之，环境监测系统的应用还存在着一些问题，在环境监测和质量控制方面有所欠缺，需要在实际工作中逐步完善，最后在环境污染问题治理方面取得突破性的进展。