环境监测公司作为环境监测第三方机构，其内部结构完整，具有强大的环境监测能力，在最近几年其发展势头十分迅猛、业务范围广泛！但是环境监测公司也存在着诸多的问题，这些问题不仅影响了环境监测的质量，也对整个行业的良性发展带来巨大冲击。

第一是社会认可度不高。目前尚没有颁布专门针对社会环境监测公司市场管理的法律。因为国家或者地方对社会环境监测公司还没有一个明确的定位，因此社会环境监测公司的社会性质不明，所得到的社会认可度不高，权责也不对等。很多企业把自己当作是社会监测公司的顾客，某种程度上存在顾客即上帝的心态，认为监测公司应该按照他们的要求出具报告，甚至还会出现以数据的达标作为付费的标准，数据不达标就不付款，这直接促使了监测数据造假。另外，在监测过程中，针对监测工作的内容、性质等对被测企业提出相应要求时，也很难得到企业的支持，这主要体现在对监测工况的要求。

第二是监管体系落后。目前尚未形成对社会环境监测公司的监管体系，还处于监测部门开展常规质量控制的阶段，并且常规控制的范围也很局限，主要还是集中在实验室分析、报告编制环节。另外，对公司的考核没有采取惩罚的措施，仅通报批评或整改，没有更加严格的淘汰机制。除了监管部门尚未对环境监测公司有完善的监管体系外，监测公司内部的监管也很混乱。比如采样过程的监管。采样过程中对采样工况、仪器、布点、采样方法、采样环境是否符合监测要求的监督等都是技术质量监督的重灾区。另外对实验室的监督不到位，很多实验室的管理仅仅停留在体系文件的建立上，而对体系文件的执行却疲于应付，对于每一步实验操作是否规范，仪器是否正常运行，实验环境是否科学，实验的记录是否真实有效，数据运算是否正确，样品的流转、处置是否能满足监测要求等等都无法细致监督。

三是价格市场混乱。伴随着社会环境监测市场的不断扩大，大量资本开始入侵，为了获得更大的客户量，多数公司采用价格战。

随着我国对生态建设的进一步推进，环境监测也进入了新阶段，规范环境监测行业迫在眉睫。让环境监测公司常态化发展是社会各界开展工作方向。