在环境监测系统的软件设计的时候，为了保正各个模块的有效运行，使系统的结构更加的清晰、有条理性。把系统软件分为了数据采集层软件系统设计即温湿度测量等的模块软件设计、数据集中层软件设计即对主控制器的软件设计和数据管理层软件设计即使用手机接收发送信息等的软件设计。

环境监测系统数据采集层的软件设计主要负责各个测量器件的有效运行，对其进行驱动，并按照一定的程序设计步骤来实现温湿度、CO气体、SO2气体的采集；数据集中层软件设计负责控制整个环境监测系统的具体实施流程是整个系统的核心，作为系统的网关，用来对从温湿度测量模块传送来的数据进行存储、判断等操作；数据管理层软件设计用来方便从主控制器传送来的信息进行查询与通过手机向主控制器下达指令等操作。