在进行环境监测系统质量控制的过程中，应该对多元化的环境监测数据进行比较，并且在此基础上进行准确的校对，这样才能顺利的完成环境监测工作。将整个环境监测过程控制在质量监测体系的范围中，同时得到进一步的完善，促进质量控制体系的进一步发展。在环境监测系统的应用中，需要严格对环境监测任务，将系统控制手段得到进一步的落实。通常情况下，主要采用的控制手段有以下几种。

一是对环境监测时间以及频次进行控制；

二是对环境监测数据质量进行控制；

三是对环境监测仪器予以进一步的校正；

四是对环境监测仪器的性能进行审核；

五是对环境监测仪器进行校准；

六是将环境监测的数据审核工作落实。

但是，因在我国环境监测技术规范中并未明确的划分进行上述操作的明确责任范畴和权限的划分，在环境监测系统实际操作中很可能会导致责任重叠和责任空白的情况下发生。所以一些针对性的控制手段还需要不断去完善。