目前，环境监测系统的运维大都是通过委托的方式，委托专业性的公司对系统实施运行维护工作。应用该种方式可有效解决技术力量薄弱、专业人员缺乏等问题。但是环境监测系统的这种运维方式会导致监管问题产生，因此加强系统运行管理和质量监控的规范性，加强对各个环境监测子站的运行管理工作进行严格监控。环境监测系统该种管理方式存在的局限性主要表现如下：

1.巡检等现场工作的监督管理存在较大难度，无法有效实施；无法详细了解并掌握相关环境监测仪器的实际运行状况；

2.质量控制和质量保证时效性较低；无法对运营工作过程中产生的庞大信息进行有效汇总和分析，制约管理水平的提高；备件、备品均较为滞后，有效的管理措施相对缺乏；环境监测站工作人员过度依赖于运营商。