环境监测系统的正常运行需要有一个良好的管理体系，因为它可以为后续环境监测工作的有序展开提供一个良好的环境和方法，它还可以促进相关的管理人员和工作人员对自身的行为有一个良好的规范，并且能够加强自身对于环境监测工作认真负责的态度。根据监测人员的工作成效建立合理的奖惩机制，也能督促监测站的工作人员努力提高自身的素质。

环境监测系统合理的管理机制要求管理人员要能够具备认真负责的态度，做好各个子监测站的监测管理和监督工作，能够促进每一个环境监测任务的有序完成，为环境的改善提供必要的条件。环境监测系统合理完善的管理机制能激励工作人员不断提升自我，还能提高环境监测工作的效率，为环境监测提供良好的制度基础。